pandas高效读取大文件的探索之路

来源：cnblogs　　作者：wang_yb　　时间：2024/1/29 10:52:54　　对本文有异议

使用 pandas 进行数据分析时，第一步就是读取文件。
在平时学习和练习的过程中，用到的数据量不会太大，所以读取文件的步骤往往会被我们忽视。

然而，在实际场景中，面对十万，百万级别的数据量是家常便饭，即使千万，上亿级别的数据，单机处理也问题不大。
不过，当数据量和数据属性多了之后，读取文件的性能瓶颈就开始浮现出来。

当我们第一次拿到数据时，经常会反反复复的读取文件，尝试各种分析数据的方法。
如果每次读取文件都要等一段时间，不仅会影响工作效率，还影响心情。

下面记录了我自己优化pandas读取大文件效率的探索过程。

1. 准备部分

首先，准备数据。
下面的测试用的数据是一些虚拟币的交易数据，除了常用的K线数据之外，还包含很多分析因子的值。

import pandas as pd
fp = "all_coin_factor_data_12H.csv"
df = pd.read_csv(fp, encoding="gbk")
df.shape
# 运行结果
(398070, 224)

总数据量接近40万，每条数据有224个属性。

然后，封装一个简单的装饰器来计时函数运行时间。

from time import time
def timeit(func):
    def func_wrapper(*args, **kwargs):
        start = time()
        ret = func(*args, **kwargs)
        end = time()
        spend = end - start
        print("{} cost time: {:.3f} s".format(func.__name__, spend))
        return ret
    return func_wrapper

2. 正常读取

先看看读取这样规模的数据，需要多少时间。
下面的示例中，循环读取10次上面准备的数据all_coin_factor_data_12H.csv。

import pandas as pd
@timeit
def read(fp):
    df = pd.read_csv(
        fp,
        encoding="gbk",
        parse_dates=["time"],
    )
    return df
if __name__ == "__main__":
    fp = "./all_coin_factor_data_12H.csv"
    for i in range(10):
        read(fp)

运行结果如下：

读取一次大概27秒左右。

3. 压缩读取

读取的文件all_coin_factor_data_12H.csv大概1.5GB左右，
pandas是可以直接读取压缩文件的，尝试压缩之后读取性能是否能够提高。
压缩之后，大约 615MB 左右，压缩前大小的一半不到点。

import pandas as pd
@timeit
def read_zip(fp):
    df = pd.read_csv(
        fp,
        encoding="gbk",
        parse_dates=["time"],
        compression="zip",
    )
    return df
if __name__ == "__main__":
    fp = "./all_coin_factor_data_12H.zip"
    for i in range(10):
        read_zip(fp)

运行结果如下：

读取一次大概34秒左右，还不如直接读取来得快。

4. 分批读取

接下来试试分批读取能不能提高速度，分批读取的方式是针对数据量特别大的情况，
单机处理过亿数据量的时候，经常会用到这个方法，防止内存溢出。

先试试每次读取1万条：

import pandas as pd
@timeit
def read_chunk(fp, chunksize=1000):
    df = pd.DataFrame()
    reader = pd.read_csv(
        fp,
        encoding="gbk",
        parse_dates=["time"],
        chunksize=chunksize,
    )
    for chunk in reader:
        df = pd.concat([df, chunk])
    df = df.reset_index()
    return df
if __name__ == "__main__":
    fp = "./all_coin_factor_data_12H.csv"
    for i in range(10):
        read_chunk(fp, 10000)

运行结果如下：

和读取压缩文件的性能差不多。

如果调整成每次读取10万条，性能会有一些微提高。

分批读取时，一次读取的越多（只要内存够用），速度越快。
其实我也试了一次读取1千条的性能，非常慢，这里就不截图了。

5. 使用polars读取

前面尝试的方法，效果都不太好，下面引入一个和pandas兼容的库Polars。

Polars是一个高性能的DataFrame库，它主要用于操作结构化数据。
它是用Rust写的，主打就是高性能。

使用Polars读取文件之后返回的Dataframe虽然和pandas的DataFrame不完全一样，
当可以通过一个简单的to_pandas方法来完成转换。

下面看看使用Polars读取文件的性能：

import polars as pl
@timeit
def read_pl(fp):
    df = pl.read_csv(
        fp,
        encoding="gbk",
        try_parse_dates=True,
    )
    return df.to_pandas()
if __name__ == "__main__":
    fp = "./all_coin_factor_data_12H.csv"
    for i in range(10):
        read_pl(fp)

运行结果如下：

使用Polars后性能提高非常明显，看来，混合使用Polars和pandas是一个不错的方案。

6. 序列化后读取

最后这个方法，其实不是直接读取原始数据，而是将原始数据转换为python自己的序列化格式（pickle）之后，再去读取。

这个方法多了一个转换的步骤：

fp = "./all_coin_factor_data_12H.csv"
df = read(fp)
df.to_pickle("./all_coin_factor_data_12H.pkl")

生成一个序列化文件：all_coin_factor_data_12H.pkl。

然后，测试下读取这个序列化文件的性能。

@timeit
def read_pkl(fp):
    df = pd.read_pickle(fp)
    return df
if __name__ == "__main__":
    fp = "./all_coin_factor_data_12H.pkl"
    for i in range(10):
        read_pkl(fp)