经验首页 前端设计 程序设计 Java相关 移动开发 数据库/运维 软件/图像 大数据/云计算 其他经验
当前位置:技术经验 » 程序设计 » R语言 » 查看文章
R包安装的正确方式
来源:cnblogs  作者:忆昔烟雨情  时间:2018/9/25 20:19:52  对本文有异议
  1. 1 options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
  2. 2 if(! require("devtools")) install.packages("devtools")
  3. 3 if(! require("reshape2")) install.packages("reshape2")
  4. 4 if(! require("ggplot2")) install.packages("ggplot2")
  5. 5 if(! require("pheatmap")) install.packages("pheatmap")
  6. 6 if(! require("ggfortify")) install.packages("ggfortify")
  7. 7 if(! require("stringr")) install.packages("stringr")
  8. 8 if(! require("survival")) install.packages("survival")
  9. 9 if(! require("survminer")) install.packages("survminer")
  10. 10 if(! require("lars")) install.packages("lars")
  11. 11 if(! require("glmnet")) install.packages("glmnet")
  12. 12
  13. 13 if(! require("timeROC")) install.packages("timeROC")
  14. 14 if(! require("ggpubr")) install.packages("ggpubr")
  15. 15
  16. 16 if(! require("randomForest")) install.packages("randomForest")
  17. 17 if(! require("ROCR")) install.packages("ROCR")
  18. 18 if(! require("Hmisc")) install.packages("Hmisc")
  19. 19
  20. 20 if(! require("caret")) install.packages("caret")
  21. 21 # if(! require("genefilter")) install.packages("genefilter")
  22. 22 if(! require("ggstatsplot")) install.packages("ggstatsplot")
  23. 23
  24. 24 ### 下面的包是为了临床三线表
  25. 25 if(! require("tableone")) install.packages("tableone")
  26. 26 ## 网络不好,就不要安装了。
  27. 27 ## 而且Windows电脑安装 rJava 也经常是需要人指导的。
  28. 28 # https://github.com/rstudio/rstudio/issues/2254
  29. 29 if(! require("rJava")) install.packages("rJava")
  30. 30 if(require('rJava')){
  31. 31
  32. 32 # https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ReporteRs/
  33. 33 if(! require("ReporteRs")) install.packages("ReporteRs")
  34. 34 devtools::install_github('davidgohel/ReporteRsjars')
  35. 35 devtools::install_github('davidgohel/ReporteRs')
  36. 36 }
  37. 37
  38. 38
  39. 39 library(devtools)
  40. 40 source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
  41. 41 ## 如果你的网络实在是太差,试试看:
  42. 42 # install.packages("BiocInstaller",repos="http://bioconductor.org/packages/3.7/bioc")
  43. 43 ## 很可惜你在中国大陆,不得不承受这个痛苦。
  44. 44
  45. 45 options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
  46. 46 library('BiocInstaller')
  47. 47 if(! require('edgeR')){
  48. 48
  49. 49 biocLite(c('airway','DESeq2','edgeR','limma'))
  50. 50 }
  51. 51
  52. 52 if(! require("CLL")) biocLite("CLL")
  53. 53 if(! require("org.Hs.eg.db")) biocLite('org.Hs.eg.db')
  54. 54 library(BiocInstaller)
  55. 55 options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
  56. 56 if(! require("maftools")) biocLite("maftools")
  57. 57 if(! require("RTCGA")) biocLite("RTCGA")
  58. 58 if(! require("RTCGA.clinical")) biocLite("RTCGA.clinical")
  59. 59 # https://bioconductor.org/packages/3.6/data/experiment/src/contrib/RTCGA.clinical_20151101.8.0.tar.gzn
  60. 60 if(! require("RTCGA.miRNASeq")) biocLite("RTCGA.miRNASeq")
  61. 61 if(! require("maftools")) biocLite("maftools")
  62. 62 if(! require("genefilter")) biocLite("genefilter")
  63. 63
  64. 64
  65. 65 # Then from : https://github.com/ShixiangWang
  66. 66 # You don't need run the codes below, I will explain to you face to face.
  67. 67
  68. 68 source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
  69. 69 packs = c("devtools", "reshape2", "ggplot2", "pheatmap", "ggfortify", "stringr", "survival",
  70. 70 "survminer", "lars", "glmnet", "timeROC", "ggpubr", "randomForest", "ROCR", "genefilter",
  71. 71 "Hmisc", "caret", "airway","DESeq2","edgeR","limma", "CLL", "org.Hs.eg.db", "maftools")
  72. 72 if(! require(pacman)) install.packages("pacman", dependencies = TRUE)
  73. 73 pacman::p_load(packs, dependencies=TRUE, character.only = TRUE)
  74. 74 # check
  75. 75 pacman::p_loaded(packs, character.only = TRUE)
  76. 76 all(pacman::p_loaded(packs, character.only = TRUE))

注:本文转自“生信技能树”

  1. https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247487157&idx=1&sn=0540a2788eba7b5a96a6d4f907d92718&chksm=9b484e0eac3fc71864f0e1d5959ac5f768bd3289312c2d0776cbe663a888edd056b092175d5c&mpshare=1&scene=23&srcid=0809lYoGGKt6uOM4j8rCH40P#rd
 友情链接:直通硅谷  点职佳  北美留学生论坛

本站QQ群:前端 618073944 | Java 606181507 | Python 626812652 | C/C++ 612253063 | 微信 634508462 | 苹果 692586424 | C#/.net 182808419 | PHP 305140648 | 运维 608723728

W3xue 的所有内容仅供测试,对任何法律问题及风险不承担任何责任。通过使用本站内容随之而来的风险与本站无关。
关于我们  |  意见建议  |  捐助我们  |  报错有奖  |  广告合作、友情链接(目前9元/月)请联系QQ:27243702 沸活量
皖ICP备17017327号-2 皖公网安备34020702000426号